C’est le 18 juin 1940 que les troupes allemandes parviennent à Saint Clair sur Elle et dès juillet, elle occupent en permanence le bourg et quelques fermes. Si dans le bourg il s’agit de troupes motorisées, dans les fermes, ce sont des troupes hippomobiles dont les nombreux chevaux devaient être nourris sur le terrain.
En 1941, sur le notariat réquisitionné, les allemands édifient un observatoire, haute tour en bois et maintenue par des haubans. Sa forme ronde lui vaut le nom populaire de “baquet”. La surveillance y est assurée en permanence et dans un très vaste rayon, rien n’échappe à la vigilance des occupants.
Comme partout ailleurs, les hommes sont réquisitionnés pour aller garder les voies ferrées la nuit, et le jour il faut fournir une équipe pour creuser des abris dans le vallon et au Château.
Ainsi passe lentement l’occupation, avec les restrictions de ravitaillement qui vont s’aggravant tous les jours.
Débarquées le 6 juin 1944, les troupes américaines de la 29ème Division atteignent les limites de la commune le 9 au soir, mais ne franchissent pas la rivière de l’Elle. Elles se concentrent à Ste Marguerite d’Elle, Cartigny l’Epinay, Moon sur Elle et déclenchent d’importants tirs d’artillerie sur le bourg, le carrefour et les fermes avoisinantes.
Le matin du 12 juin, l’attaque est déclenchée, mais au Pont de la Pierre, elle se soldera par un échec sanglant ; vers St Jean de Savigny, ce sera une journée d’attaques et contre attaques. Finalement, les troupes américaines franchissent l’Elle dans la soirée au moulin l’Evesque (Ste Marguerite d’Elle) et, malgré la perte de trois chars et de nombreux hommes, atteignent le Bourg de St Clair sur Elle vers minuit.
Tôt le matin du 13, les troupes allemandes évacuent le Pont de la Pierre et la route de Ste Marguerite d’Elle et gagnent, par la Motte, la route d’Isigny et le carrefour où elles organisent une nouvelle défense. L’artillerie américaine, qui a déjà mis à mal le bourg, continue de tirer sur ces troupes en repli et dans un chemin creux, à proximité du bourg, huits civils seront tués.
Ce n’est que le 16 juin que les troupes, appuyées par des chars, dégagent le carrefour de St Clair sur Elle, libèrent le Motte et prennent possession de la grande route de Saint-Lô-Isigny. Dans la même attaque, elles libèrent aussi la Hunière, les Foulons et atteignent également la route de Saint-Lô plus au sud.
Le 17 juin, la totalité du territoire de la commune est libéré. Dix civils ont trouvé la mort lors de ces combats.
Dans les semaines qui suivront, la commune servira de base arrière à la bataille de Saint-Lô. De nombreuses pièces d’artillerie de 155 et 105, accompagnées d’une importante défense anti aérienne, tireront nuit et jour pendant des semaines en direction de Saint-Lô.
Deux hôpitaux militaires de campagne, un centre de triage de soldats morts, un camp de prisonniers et un immense dépôt de munitions seront pendant des mois les marques les plus visibles de l’intense activité américaine, ainsi qu’une piste d’atterrissage d’avions d’observation. Plus discrète sera la présence du quartier du Général GERARHARDT, Commandant la 29ème Division US à la Haye Besvet, qui sera connue de peu d’habitants.